El NCQ se supone que ordena las tareas para que la aguja haga las cosas en orden en el que menos desplazamiento total tenga que hacer, pero sigue siendo monotarea, no puede escribir/leer dos sectores a la vez. Un SSD no tiene esa limitación.
Por poner un ejemplo si abres un word y el navegador a la vez, con NCQ, el tiempo total va ser menor que sin él, pero la aguja va ir cargando archivos de un programa u otro según lo cerca que estén físicamente en el disco (no tiene por qué estar todo lo que necesite word y sus dependencias en el mismo sector, lo mismo para el navegador) y es posible que los dos no sean usables hasta casi el final (que es cuando todos los ficheros se han cargado), y que luego te salgan casi a la vez. Antes del NCQ es que la aguja sólo seguía una dirección hasta que encontraba el dato.
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Sin embargo, si abres un Word, se carga en la ram, es usable y luego le das al navegador, mientras se carga el navegador, el word lo puedes usar. En término global es más lento (si cuentas el tiempo acumulado de las dos aperturas), pero te puedes poner a hacer algo antes. Y cuantos más programas abras a la vez, mucho peor.
En definitiva, el NCQ es bueno en todas las situaciones (hagas lo que hagas va a tardar menos) pero no quita el hecho de que la aguja sólo puede hacer una operación a la vez en un cierto sector y llenarlo de tareas, no ayuda a que el sistema vaya más rápido, más bien al revés a nivel de usuario que te quedas mirando la pantalla sin poder hacer nada.
Saludos