Hola 7HUND3RS,perdón por tardar tanto en contestar estoy un poco liado ultimamente.Supongo que tu pad será como todos para esto de configurar,yo personalmente uso el pad de la ps3,te explico el proceso que sigo.
1- Abrimos el emulador,vamos a config.
2- Vamos a la ventana plugins.
3- En wiimote le damos a config.
4- En esa ventana aparece abajo de todo a la izquierda ¨Button Mapping¨,en esta nueva ventana lo podrás configurar a tu gusto.Si quieres meter mas wiimotes arriba en la ventana esta te da para 3 más,sólo tendrás que volver a la ventana anterior y elegir el que quieras,por ejemplo wiimote 2.Cambias Input Source de inactive a Emulated Wiimote y un poco más abajo donde pone NONE eliges nunchuck,o el que quieras.
Espero haberte ayudado,un saludo.