Un poco paranoico el tema, la verdad. ¿El ruido? Pues tan simple como que la unidad ha perdido la sincronización, ha perdido literalmente la pista de por dónde estaba leyendo y el cabezal se tiene que reposicionar, porque el golpe ha provocado una alteración en el giro/par del disco. Al depositar el disco en la bandeja no sufre daño, porque la bandeja tiene en su bordes unas elevaciones precisamente para evitarlo, pues la elevación coincide con el área de perfil del disco sin datos, el borde que se ve transparente. Dentro de la unidad, el único contacto físico con el disco es en el anillo interno transparente destinado al sistema de fijación.
La mayoría de unidades no están preparadas para usarse en vertical, sólo se pueden usar en vertical las que tienen unas 4 pestañas deslizables en la bandeja que sujetan el disco en vertical.
Para la próxima, aquí te dejo el programa que uso para intercambios en caliente de disco (Cambiar el disco en la unidad instalada externamente y con la tapa destornillada, para que no se dé cuenta del cambio de disco y actualice la TOC):
http://vigi.dremora.com/dctools.rar
El programa se llama startstop:
startstop [Letra de la unidad:] 1
Con eso el disco deja de girar y puedes mover la unidad para cambiarla de sitio. Al volver a acceder al disco por parte de algún programa se pondrá a girar de nuevo.