Pues porque tu le cambias la asignación al botón en Xpadder pero el juego te sigue detectando el mando y haciendo un uso normal de el de forma nativa, pero además hace la función que tu le hayas puesto en el xpadder. Es programa no puede hacer que el boton A sea el X, no es su función, para hacer algo asi no sé si existen otros programas (creo que si).
Para que prevalezca la asignación que has hecho en xpadder, tendrás que desactivar el mando en las opciones de juego (si se puede).
No sé si será esto exactamente pero creo que por ahi pueden ir los tiros.
Otra opción es averiguar si se pueden cambiar los botones mediante algun archivo .ini del juego, asi no tendrias que recurrir a Xpadder. Yo tengo este programa comprado pero la verdad solo recurro a el cuando el juego no tiene soporte nativo (hoy en dia,pocos).