La configuración la pierdes, al menos hasta donde conozco. Perooo deberías poder guardar la configuración personalizada de BIOS en un USB y luego cargarla. Al menos en la C6H puede hacerse.
Edit.: en Asus creo que la permite guardar con dos formatos (TXT y CMO o algo asi). Sugiero que la guardes con ambos, a mi luego solo me permitía leer uno de los archivos (no recuerdo cual).