A muy groso modo, CPU tiene un número de líneas PCIe limitado. Unas van para un "disco" como dices, otras para la gráfica y otras para conectarlo con el resto de la placa base/chipset.
Si la placa tien para poner un segundo "disco" conectado a las líneas de la CPU, como son las que son y no hay más, no queda más remedio que repartirlas. Por eso la gráfica pasa de x16 a x8...
Por otro lado, el chipset dispone de otro número de líneas PCIe también limitado, para conexion de diferentes dispositivos como USB, LAN, SATA, etc, etc, etc. Aquí puede pasar igual y tener que repartir las líneas PCIe.
Tal y como comentas, lo mejor es poner el "disco" del S.O. en el primer conector nvme, que va directo a la CPU, y el segundo a la conexión del chipset.
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