Hola, Tuelas.
Algunas veces he tenido que hacer algo parecido. Siempre comienzo usando MkvToolNix, porque es una herramienta potente pero muy fácil de usar, y las cosas que yo hago no son nada "pro".
Pero casi siempre acabo usando FFmpeg, porque hasta las cosas más sencillas se suelen convertir en complicadas, y aunque la aplicación sea de consola, y exija un poco de esfuerzo para utilizarla, tiene una buena documentación: FFmpeg Documentation, y lo que no puedas hacer con ella es difícil que lo puedas hacer con otra.
Salu2.
Edito:....
Una ventaja de FFmpeg es que es muy fácil que encuentres en la red ejemplos de peña que ha hecho cosas parecidas a las que quieres hacer tú.