Lo normal sería que los de abajo (4-5) metan aire, y los de arriba lo saquen (2-3). El posterior depende, si el disipador del micro echa el aire a la parte posterior, lo pondría sacando. Si no es así, lo podrías poner de cualquier forma, incluso quitarlo.
Lo ideal es que tu mismo hagas pruebas, y veas de qué forma tienes mejores temperaturas.
Personalmente (siento el tener que flagelarte XD), prefiero una caja que coja el aire de la zona frontal, ya que desde la parte inferior te arriesgas a tener bastante más polvo si no lleva un buen filtro de polvo y no eres muy disciplinado con la aspiradora ^^
En cualquier caso, y a no ser que tengas componentes muy calentorros, tampoco te rompas mucho la cabeza. En el equipo de la firma por ejemplo, tengo uno metiendo, y otro sacando. Ambos y el del micro a 600rpm, y en idle ronda los 30ºC. Y bajo test llega a los 60ºC.
PD: Y felicidades!