Hoy en día si comprar un mando compatible con el juego/Steam ya está todo configurado y ahí el de Xbox siempre va bien y el de Play casi siempre, los expertos te dirán las excepciones si las hay, yo compré el de Xbox harto de los problemas con el logitech rumblepad barato que tenía de hace años.
Con otros mandos no oficiales es posible que en ciertos juegos debas añadir una capa de abstracción al estilo X360CE (Xbox 360 Controller Emulator) que este sí hay que configurarlo manualmente para que cuadre con lo que el desarrollador del juego que básicamente ha pensado, creo que todo esto está relacionado con la la API XInput pero no lo tengo muy por la mano.
Y sobre la conexión es bueno contar con una buena versión de Bluetooth para evitar input lag, vamos que los pinganillos más económicos o bluetooth integrados en placas a veces no responden tan bien y rápido como por cable, al igual que los ratones inalámbricos que los hay con bluetooth/sistema propio inalámbrico, el bluetooth va bien para compatibilidad con cualquier equipo y para tareas ofimáticas bien pero para juegos mejor usar su sistema de intercambio de datos con mucho más polling rate.